一、企业所得税管理存在的问题
1、税前扣除项目审批烦琐
首先，企业所得税税前扣除项目的审批，最迟要在年终申报期以前完成，是一项时效性强、责任重、量大的把关工作。企业对各种审批事项都要按税务机关要求形成报告和履行相关审批手续，工作量较大，造成企业不愿积极提供有关审批资料的局面。
同时税务机关在有限时间内，也不可能对每项需要审批的税前扣除项目进行实地检查。
其次，由于时间上的差异，企业实际上没有依据有关项目税前扣除的批文进行申报。例如，某企业在当年申报时已经将需要审批的项目进行税前扣除，申报期之后才接到准予税前扣除的批文，这样就失去了审批意义，使工作流于形式。
第三，年终所得税税前扣除项目的审批是一种被动监督企业成本费用开支的方式，不能促使企业主动去核算成本费用，也不符合国际惯例和我国入世要求。
2、征缴方式亟待改革
在企业所得税征缴管理上，目前采取的是按月（季）预缴、年终汇算清缴的方式，这也和国际上大多数国家的做法一致。但比较起来，我们的征缴方式并不实用：预缴管理太粗，按月预缴时间过于紧密，报送资料和内部审核不科学，导致税收征管人员审核时走形式，企业也能利用这一现象调节资金走向。企业所得税的汇算清缴方式本身是一项烦琐的工作，再加上人员少、时间紧，税务服务中介机构又欠完善，使基层税务机关根本达不到认真审核检查的目的，既无法监控企业的实际情况，也给企业带来很大不便。
3、企业所得税管理观念的弱化，严重影响税收秩序
由于所得税收入不是税务机关硬性考核指标，所得税的审批、检查就成了一些单位搞违法收费的“避风港”。在企业和代理机构双方利益驱动下，减免税、列支项目的审批都成为“代理项目”，产生违法案件，从而严重影响了依法治税的严肃性，造成税收秩序的紊乱。
4、税收政策规定与企业财务制度及财务准则差异过大
在目前的环境下，这种差异对企业的经营与资金运作带来极大限制。同时，因优惠政策过多过滥，既未起到政策导向作用，又造成税负不公，影响企业积极性，更造成企业为享受优惠而挖空心思钻空子。
二、改善企业所得税管理的建议
1、合理设计管理体制，提高管理效率
逐步规范和简化企业所得税税前扣除项目的审批制度，减轻税务机关和企业的工作负担，节约税收成本和企业成本。同时，应看到我国入世之后，经济将逐步纳入世界经济体系，这就要求我们的税收制度逐步与国际接轨，税收征管必须适应开放经济的要求。将来，随着企业数量的增多和成本费用核算形式的多样化，都集中在年终对成本费用进行审批扣除是被动的。只有逐步取消审批制度，改变管理方式，才是明智和有效的选择。
2、简化预缴方式，实行按季预缴
目前企业所得税采取的是按月（季）预缴方式，且大部分企业采取的是按月预缴，而国际上大多数国家的预缴时限为一季度以上，有的为一年两次，这样做的目的主要是减少税收成本和征纳双方的工作量，而且有较集中的时间进行审核。从目前的情况看，有必要统一推行按季预缴的办法，一则符合国际惯例，使境外投资者较为适应；二则避开较为繁杂的增值税管理，腾出时间每季末专门进行所得税的审核；三则减少企业的工作量和纳税成本。
3、加快信息化建设步伐
电子化申报已在增值税管理中得到运用和推广，它减少了税收成本，严密了征管程序，既保证了税款的及时入库，也方便了纳税人，这对目前改善企业所得税管理也有很强的现实意义。要充分发挥CTAIS等征管软件的作用，将企业所得税管理融入其中，并可考虑在税企联网的情况下，实现直接对企业所得税涉税项目的监控。
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